Böbrek içindeki taş 2 cm.den büyük olduğunda veya ESWL ile kırılamadığında uygulanan güncel bir yöntemdir. Genel anestezi altında bel bölgesinde 1 cm lik kesiden oluşturulan bir yoldan böbreğin içerisine girilerek taşlar bir bütün halinde veya kırılarak aynı yoldan dışarı çıkartılır.
Endoskopik yani kapalı bir ameliyat yöntemi olan perkütan nefrolitotripsi ameliyatında görüntüler endokamera ile bir televizyon ekranına büyütülmüş olarak taşınır.
Taşlar genelde pnömatik, ultrasonik veya lazer taş kırıcılar ile parçalanırlar. Ameliyat bitiminde böbrekte 2-5 gün süreyle idrarın geçici bir süre için dışarı alınmasını sağlayan bir tüp (nefrostomi tüpü) konulur.